Bonifacio est née entre 828 et 833 avec la construction par le comte toscan Bonifacio II, d'une forteresse, dite castel Bonifacio.  
Comme tous les ports de commerce, la cité de Bonifacio a une longue histoire et est issue d'un conflit guerrier entre Pise et Gênes, ces deux grandes villes se disputant avec acharnement cette citadelle, maillon stratégique militaire et principal complexe portuaire Corse.  

Mais la réelle fondation de Bonifacio remonte en 1195 lorsque les Génois reprirent la ville à  Pise et imposèrent des modifications militaires structurelles importantes.  
Ainsi, entre le treizième et quinzième siècle, Bonifacio devint une ville imprenable.  
Au fil des siècles, Bonifacio devient le principal pôle militaire, maritime et portuaire de la Corse.  
Cependant, du fait de sa situation géographique et de son appartenance Génoise, Bonifacio subit les attaques de nombreux assaillants, notamment Alphonse V, roi d'Aragon, en 1420 qui maintenu son siège pendant une année avant de baisser les armes face à  l'intouchable cité qu'était Bonifacio.
 
En dépit d'une terrible épidémie de peste en 1528, elle a su garder, par-delà  les siècles une allure de ville forte avec ses remparts.  
Ses rues étroites sont bordées de maisons hautes où la lumière pénètre difficilement.  
Ces vieilles demeures sont reliées entre elles par des arc-boutants, sortes de gouttières destinées à  récupérer les eaux de pluie pour les conduire vers des citernes.  

L'ancien palais des gouverneurs génois est occupé aujourd'hui par l'hôtel de ville. Sur la rue des Deux Empereurs plane le souvenir de deux visiteurs célèbres qui y séjournèrent dans deux maisons ainsi passées à  l'histoire : Charles Quint, en 1541 et Napoléon Bonaparte en 1793.  
La citadelle treizième siècle est réservée à  la légion étrangère depuis 1963.  
A l'intérieur, l'église Saint-Dominique du possède une chaire et un orgue baroques, un maître-autel en marbre blanc, une Vierge en marbre et deux groupes en bois figurant le martyre de saint Barthélemy et les trois Marie au pied du Calvaire.  

Bonifacio est aujourd'hui devenue une des plus importantes stations balnéaires Corses.  
Avec plus d'un million de visiteurs durant la seule saison d'été, la ville est en passe de devenir le site le plus visité de la Corse.  
Flâner dans les rues et sur les fortifications de Bonifacio est un moment de pur bonheur.  
Les deux entrées de la Haute-Ville de Bonifacio se concrétisent par deux pont-levis qui vous conduiront sur l'ancien chemin de ronde, les jardins de la Carotolla, la rue Fred Scamaroni et le magnifique port de pêche et de plaisance.  
Enfin, après une petite promenade sur les falaises et dans le maquis, vous irez farnienter sur la plage de Maora et son sable brun.